什么是VCFtools

什么是VCFtools

简介

VCFtools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具，其中很多过滤及计算功能可以自己使用perl或者python编写脚本实现，但都不如这个工具的运算速度快。

配置流程

1.配置编译环境

安装相关依赖。

yum install autoconf dh-autoreconf automake zlib-devel

2.获取源码

获取“vcftools-0.1.16”源码包。

cd/usr/local/srcwget https://github.com/vcftools/vcftools/archive/v0.1.16.tar.gz-O vcftools-0.1.16.tar.gz

3.编译和安装

1）解压并进入源码目录。

tar-zxvf vcftools-0.1.16.tar.gzcd vcftools-0.1.16

2）生成configure文件。

.

/autogen.sh

3）配置生成Makefile。

./configure-prefix=/usr/local/vcftools

4）编译安装。

make-j4make install

5）配置环境。

a.修改环境变量。

vim/etc/profile

在“/etc/profile”文件末尾增加下面代码：

export PATH=/usr/local/vcftools/bin:$PATH

b.按“Ecs”，输入“wq!”保存后退出。

c.运行下面命令，使修改的环境变量生效。

source/etc/profile

4.运行和验证

1）查看版本。

查看VCFtools版本信息。

vcftools--version

当系统回显类似如下信息是，表示VCFtools安装成功。

VCFtools(0.1.16)

2）测试数据。

test目录下有很多例子，通过输入如下命令，进行测试。

cd/usr/local/src/vcftools-0.1.16/examplesvcftools--vcf shuffle-test.vcf--missing-site--out ms

当系统回显类似如下信息是，表示VCFtools能够正常使用。

VCFtools(0.1.16)(C)Adam Autom and Anthony Marchetta 2009Parameters as interpreted:--vcf shuffle-test.vcf--out ms--missing-siteAfter filtering,kept 2 out of 2 IndividualsOutputting Site MissingnessAfter filtering,kept 6 out of a possible 6 SitesRun Time=0.00 seconds