云数据库虚拟主机(云服务器云虚拟主机)
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2022-09-02
什么是VCFtools
简介
VCFtools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具,其中很多过滤及计算功能可以自己使用perl或者python编写脚本实现,但都不如这个工具的运算速度快。
配置流程
1.配置编译环境
安装相关依赖。
yum install autoconf dh-autoreconf automake zlib-devel
2.获取源码
获取“vcftools-0.1.16”源码包。
cd/usr/local/srcwget https://github.com/vcftools/vcftools/archive/v0.1.16.tar.gz-O vcftools-0.1.16.tar.gz
3.编译和安装
1)解压并进入源码目录。
tar-zxvf vcftools-0.1.16.tar.gzcd vcftools-0.1.16
2)生成configure文件。
.
/autogen.sh
3)配置生成Makefile。
./configure-prefix=/usr/local/vcftools
4)编译安装。
make-j4make install
5)配置环境。
a.修改环境变量。
vim/etc/profile
在“/etc/profile”文件末尾增加下面代码:
export PATH=/usr/local/vcftools/bin:$PATH
b.按“Ecs”,输入“wq!”保存后退出。
c.运行下面命令,使修改的环境变量生效。
source/etc/profile
4.运行和验证
1)查看版本。
查看VCFtools版本信息。
vcftools--version
当系统回显类似如下信息是,表示VCFtools安装成功。
VCFtools(0.1.16)
2)测试数据。
test目录下有很多例子,通过输入如下命令,进行测试。
cd/usr/local/src/vcftools-0.1.16/examplesvcftools--vcf shuffle-test.vcf--missing-site--out ms
当系统回显类似如下信息是,表示VCFtools能够正常使用。
VCFtools(0.1.16)(C)Adam Autom and Anthony Marchetta 2009Parameters as interpreted:--vcf shuffle-test.vcf--out ms--missing-siteAfter filtering,kept 2 out of 2 IndividualsOutputting Site MissingnessAfter filtering,kept 6 out of a possible 6 SitesRun Time=0.00 seconds
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